Los funcionarios de salud en los Estados Unidos pueden usar una casualidad de la prueba COVID-19 para monitorear la propagación de una forma más contagiosa del virus, que se identificó en el país por primera vez esta semana. La variante se está extendiendo ampliamente por el Reino Unido y hasta ahora se ha encontrado en más de una docena de países, incluido Estados Unidos.
Los expertos no creen que la variante del coronavirus sea más mortal que otras formas del virus, y las vacunas ya desarrolladas aún deberían proteger contra la nueva cepa. Pero la variante parece propagarse más fácilmente y los brotes incontrolados abrumarían a los hospitales con mayor rapidez.
Hasta ahora, se han detectado dos casos estadounidenses en pacientes con COVID-19, uno en Colorado y otro en California . Los funcionarios de salud de Colorado dijeron que el paciente de Colorado no ha viajado fuera del país, lo que indica que la variante puede haber estado circulando antes y que ya puede tener un punto de apoyo en el país. A diferencia del Reino Unido, EE. UU. Está haciendo muy pocos análisis de muestras de virus de pacientes con COVID-19 para detectar mutaciones y variantes, por lo que es posible que no haya sido detectado hasta ahora.
En ausencia de un análisis viral generalizado, los funcionarios pueden rastrear la variante, conocida como B.1.1.7, a través de las pruebas estándar de COVID-19. “Es algo fortuito, no algo que pretendíamos que sucediera”, dice Theo Sanderson, genetista del Instituto Francis Crick en Londres.
La mayoría de las pruebas típicas de COVID-19 basadas en genes funcionan buscando evidencia del material genético del coronavirus en un hisopo de saliva y moco recolectado de los pacientes. El virus tiene un genoma largo y las pruebas no buscan evidencia de todo. En cambio, suelen buscar dos o tres secciones.
En algunas pruebas de COVID-19, uno de los fragmentos está en el gen S del coronavirus, el gen que codifica la proteína de pico del virus, que permite que el virus se una a las células. Ese también es el gen donde ocurrió una de las mutaciones en la nueva variante. Si un paciente estaba infectado con un virus con esa mutación específica, la prueba, que está diseñada en función de la forma no mutada del gen, no podrá ver la versión variante. Dado que la prueba aún podría ver las otras secciones del virus, aún resultaría positivo, solo que sin el gen S. Los investigadores lo llaman abandono del gen S.
En el Reino Unido, los expertos han podido utilizar el abandono del gen S como una medida no oficial de la cantidad de la variante del coronavirus que circula en diferentes partes del país. “Ha sido muy útil”, dice Sanderson.
No es una métrica perfecta: las mutaciones en el gen S también aparecen en otras variantes que no comparten las características de B.1.1.7. No todos los abandonos del gen S marcados en una prueba son virus B.1.1.7, pero los investigadores del Reino Unido han logrado desenredar los datos y averiguar cuánto abandono es de la nueva variante. A medida que ha aumentado la tasa de infección de la variante B.1.1.7, la tasa de abandono del gen S se ha seguido más y más de cerca.
Algunos laboratorios de EE. UU. Están comenzando a adoptar la estrategia. Ambos se encontraron los casos variantes Colorado y California después de laboratorios marcados resultados COVID-19 de prueba que tenían S abandonos de genes para un análisis completo.
La empresa de genómica Helix, con sede en California, que realiza las pruebas de COVID-19, también está analizando sus muestras en busca de evidencia de abandono del gen S. En octubre, el equipo de investigación de Helix descubrió que el 0,25 por ciento de sus pruebas presentaban un abandono del gen S, que aumentó a alrededor del 0,5 por ciento a principios de diciembre. (En algunas partes del Reino Unido, más del 75 por ciento de las pruebas muestran este patrón).
Según esos datos, es probable que la variante aún sea rara en los EE. UU. “Puede poner un límite superior a la cantidad de B.1.1.7 que estaría en un lugar, porque si no está viendo el abandono, entonces sabe que B.1.1.7 no está allí ”, Dice Sanderson.
Helix planea analizar sus muestras de virus para buscar la variante B.1.1.7, dijo James Lu, cofundador y presidente de Helix. “Todavía estamos determinando el porcentaje de correlación entre las muestras con abandono del gen S y la variante B.1.1.7. Esperamos aprender de la secuenciación qué tan fuerte es un proxy ”, escribió en un correo electrónico a The Verge .
Si se demuestra que existe una relación sólida entre ellos, Helix rastreará la tasa de abandono del gen S de forma regular, dijo Lu.
La clave a tener en cuenta es un fuerte aumento en la cantidad de abandono del gen S en una región en particular, dice Sanderson; ese era el indicador en el Reino Unido de que la nueva variante se estaba extendiendo ampliamente. "Si vieras eso en alguna zona en particular de Estados Unidos, sería muy preocupante", dice.
Idealmente, EE. UU. Ampliará su análisis viral para seguir más de cerca la propagación de la variante B.1.1.7, así como señalar cualquier nueva variante que ocurra. “La vigilancia genómica siempre será mejor”, dice Sanderson. Pero en su ausencia, monitorear la deserción del gen S podría ser un buen comienzo, dice. "Siempre es útil tener más datos".
Actualización 30 de diciembre, 5:01 PM ET: Actualizado con información sobre el caso de California.